自扎卡耶夫身亡后的五年间,全球形势非但没有好转,反而愈发危机重重。尽管扎卡耶夫本人已亡,但他留下的影响却余波未平。在扎卡耶夫旧部沃舍夫斯基的领导下,他的部队在俄X斯内战中获胜,而沃舍夫斯基本人也登上了俄X斯总统的宝座。扎卡耶夫俨然成为俄X斯的民族英雄,而他麾下的另一支余部则在马卡洛夫的带领下活跃于世界各地。
马卡洛夫是一个危害无疆的,他不效忠于任何国家,也没有任何信仰。他的一切行径仅是为了用鲜血换取金钱。马卡洛夫尤其痛恨沃舍夫斯基的所作所为,视其为背叛者。
为了应对这一混乱局面,美英等国联合组建了141特勤队,这是一支汇聚了全球顶尖战士的精英部队。其作战指挥由约翰·普莱斯和约翰·麦克塔维什(肥皂)共同负责,副指挥官是西蒙·莱利(幽灵),总指挥为谢菲尔德将军。队长普莱斯却在一次任务中被俘,迄今下落不明。
驻扎在哈萨X斯坦天山山脉的俄军截获了一颗美军卫星。为防止卫星上的机密信息泄露,谢菲尔德派遣了肥皂和加里·桑德森(小强)潜入天山基地。他们成功渗透俄军基地,夺回了卫星上的关键装置——攻击识别模块。
谢菲尔德老谋深算,随后在阿X汗的行动中发现了才华横溢的一等兵约瑟夫·阿伦,并将他招募进141特勤队。阿伦加入后的首要任务并非与其他队员会合,而是接受一项高风险的任务——潜伏在马卡洛夫身边。这位昨日还奋勇杀敌的战士,一夕之间便成为世界上最危险的人物的心腹。若说昨天的战斗代表正义,那么今天的战斗则绝对邪恶。
马卡洛夫带领包括阿伦在内的五人血洗了俄X斯的机场。阿伦的身份却仅维持了不到半天。在他们准备逃离时,马卡洛夫冷静地射杀了他。这一枪足以撼动全球,因为让一名现役美军特种兵倒在恐怖袭击现场无疑是最强有力的证据。现在,世界已经认定是美X发动了这场袭击,俄X斯对此绝不会善罢甘休。
美X为了洗清嫌疑,必须揪出幕后主使马卡洛夫。目前唯一的突破口是向其提供武器的军火商罗哈斯。随后,谢菲尔德安排141特勤队前往里约抓捕罗哈斯。当队员们得手准备撤离时,却发现指挥部早已陷入混乱。原来,俄军已开始大肆入侵美X东海岸,以报復机场袭击。
其实,在小强和肥皂夺回识别模块之前,俄军早已对该模块进行了解密和复制。美X的预警卫星早已形同虚设。当空管用肉眼看到数百架俄军战机飞过时,一切为时已晚。美X猝不及防,尽管美军竭尽全力反击,但占尽优势的俄军仍不断向内陆挺进。
随后,被困在里约的特勤队队员们在老友尼古莱的帮助下逃离了这里。从罗哈斯口中,他们只得到了一条有价值的情报:马卡洛夫非常痛恨627号犯人。他们计划利用627引出马卡洛夫,这可能是唯一诱使他现身的办法。
这名囚犯被关押在俄X斯的劳改营,那里关押着一些穷凶极恶却又不能被处死的罪犯。141特勤队与美海军会合后,立刻对劳改营发动了攻击。当他们找到627囚犯时,惊讶地发现他竟然是失踪已久的队长普莱斯。死里逃生的普莱斯带着141的魂归队了。了解到目前的局势后,普莱斯感叹道:“现在这个世界比我离开的时候更像地狱了!”
但普莱斯似乎有办法让我们从这个地狱中逃离。他带领141特勤队前往一个俄军基地,他们的唯一目标是向华X顿上空发射一枚核弹。其实,由于俄军的入侵,美X首都华X顿已经接近废墟,而占据优势的俄军甚至已经占领了白X。但普莱斯看似疯狂的计划却逆转了当前的局势。核弹在大气层引爆,产生的电磁脉冲几乎损坏了地面所有的电子设备,包括天上数不清的俄军战机。这对俄军来说是致命的打击,而对于美军来说,这则是扭转乾坤的好机会。
随后,美军列兵拉米雷斯在上级福利中士的带领下,开始围剿剩余的敌人。由于电磁脉冲的影响,他们的通讯设备已经损坏。但从白X附近的备用广播中获悉,美军司令部认为华X顿已经沦陷,因此派出战机准备空袭整个地区。他们在白X附近的楼顶使用照明棒向飞过的空军战机示意终止轰炸任务,与此更多的楼顶亮起亮光,这标志着美X本土战火的结束。